Ola, Denis. Tudo bom? No Quarkus você vai poder continuar anotando suas classes para definição do escopo, veremos isso em uma aula mais adiante. Mostrei a configuração no arquivo para mostrar que também é possível =).
Em relação a boas práticas, eu particularmente não vejo problemas em usar a anotação.
Usar configurações nos arquivos de configuração é sim uma boa prática, tanto que podemos ver no 12 factor app: https://12factor.net/config
Mas se repararmos bem, eles falam sobre credenciais de acesso ao banco de dados, url de conexão entre outros. Esses detalhes mudam entre os ambientes, então não seria interessante alterar o código a cada deploy em cada ambiente, dessa maneira surge-se a opção dos arquivos.
Espero que tenha ficado claro e se ainda tiver alguma dúvida, não deixe de nos perguntar =)