Olá, Cristiano! Tudo bem?
Não sei se entendi bem a dúvida, mas vou tentar explicar o que está acontecendo.
Em var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2")); estamos recebendo um valor para a variável quantidadeCarbono2, e esse valor pode ser qualquer um.
Posteriormente, estamos apenas somando o valor que recebemos com +2, com a instrução quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;.
Assim, quantidadeCarbono2 é o valor que digitamos somado a 2. Se digito 10, será 10 + 2 (12), por exemplo.
Espero que isso tenha te ajudado de alguma forma, caso contrário, vamos continuar tentando. Bons estudos!
Caso este post tenha lhe ajudado, por favor, marcar como solucionado. ✓