Oi Rene, tudo bem? Cada branch tem sua própria linha de histórico, então se você criar o css em uma branch que o html não existe, ele não vai aparecer nesta branch até você fazer um merge das duas. Entende?
Entenda que cada branch tem uma linha do tempo própria que é baseada em outra branch.
Imagine uma árvore por exemplo, o tronco será a master. Os galhos são as branchs novas que você cria. Agora, entende que o galho, a partir do momento que ele cresce, ele parte de um ponto do tronco e fica com apenas aquela ligação? Um galho não sabe da existência do outro. Então seu index está em um ganho e o css está em outro, eles não se "enxergam". Pegou a ideia?
O exemplo da árvore é meio tosco, mas ele explica um pouco a questão das branches.
Não tem problema nenhum em fazer localmente. Deu pra entender o problema?