Opa Marcelo, tudo bem?
Cara, isso é bem estranho mesmo. Também acredito que o Debug esteja funcionando corretamente, a outra possibilidade que me veio à mente foi que o programa havia caído em algum loop infinito, mas isso também não faz sentido. rs
No hora de selecionar o Java Project, normalmente, o seu projeto java-pilha ficaria dentro de Default.
Mas deixa eu ver se eu entendi. Se você usa o comando F5 (step into) entrando na chamada do método, você é mandado para essa tela preta. Porém, quando você usa o comando F6 (step over) para avançar a linha sem entrar na chamada, tudo ocorre normalmente e você termina o processo de Debug sem problemas? Se for isso mesmo, tudo indica que o Elipse, ao tentar entrar na chamada do método (F5), está se perdendo e não faz ideia de onde encontrar o código fonte das classes que queremos acessar. Eu sei que você já fez essa etapa também mas, teoricamente, indo em Window > Preferences > Java > Installed JREs, selecionando o JRE que você está usando, clicando em Edit (ou deleta o anterior e adiciona um novo) e depois selecionando o diretório do JDK deveria resolver o problema (checa também se o arquivo src.zip está definido dentro do jar.
Depois de realizar qualquer procedimento que altere o caminho das fontes, dá um fecha e abre o Eclipse para garantir que as alterações foram salvas. Se mesmo fazendo as alterações, o Debug continuar não funcionando, eu recomendaria desinstalar qualquer outra versão do Java que você tiver na sua máquina para evitar que o Eclipse não se perca no caminho para achar o código fonte das classes, ou recria o projeto copiando apenas as classes do projeto java-pilha anterior, assim quem sabe o Eclipse não associa o JDK correto ao Build Path do projeto.
Testa aí e me avisa se algo mudou. Realmente podem haver várias causas para o que está acontecendo, principalmente porque eu não estou conseguindo reproduzir a tela preta que é o mais estranho aqui. :(
Fico no aguardo! :)
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