Solucionado (ver solução)
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Quando cliquei o run as debugger apareceu isto Source not found

Simplesmente não sei o que aconteceu, alguém poderia me ajudar?

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Boa noite Guilherme,

Aparece um botão "Edit Source Lookup Path..." ? Se sim, tente adicionar seu projeto utilizando ele.

Eu tentei fazer isso, eu adicionei o meu projeto java, porém após adicionar o Java Project eu terminei a aplicação e cliquei para debuggar como Java Aplication, porém esse erro continuou aparecendo o que eu faço?

Pode ser então que você está tentando debugar algma clas que não pertence ao seu workspace, e se for este caso, acredito que terá que imprtar o pacote e configurar o path para o eclipse encontrar.

solução!

A depuração do Eclipse funciona com a classe atualmente carregada pelo programa.

O que você descreveu parece como se a classe em questão não fosse encontrada no projeto.

Isso pode acontecer por vários motivos, mas dê uma olhada no local onde as classes que mostram esse comportamento são encontradas (procure no painel de navegação para identificá-lo). Você provavelmente precisará alterar o caminho de build do projeto para evitar o uso desse jar e fazer com que a JVM use o projeto.

Mas o que eu teria que fazer? Eu deveria reinstalar o eclipse?

Vá em Window -> Preferences-> Java-> Installed jres e deleta a JRE, depois clica em "add" e procura pelo diretório onde está instalada a JDK na sua máquina