Quando chamar o Schema?

Nao! Mas olha você deve prestar atenção e tomar muitos cuidado. E gerado varias versões que são arquivos que fica na pasta migration, para cada modificação que é feita ele sempre aplica a ultima, .

Então como funciona o processo? Executa o Schema para que seja criado a estrutura no banco; Então mexe no sistema, faz os cadastros, alterações, etc; É implementado uma nova classe para ser add no banco;

Então executa o Schema completo re-criando toda a estrutura e perdendo os dados, ou, cria-se um schema para criar apenas aquela parte nova no banco mantendo-se os dados que já estão no banco?

Teria como detalhar como funciona em um cenário de produção?

Ele gera um script somente da parte nova. Mas se voce não sentir segurança você pode conferir o script antes de atualizar as tabelas do banco.