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Qualificadores EntityManagerFactore na api

A api da forma que foi construída não suportaria múltiplas fábricas correto? A injeção do EntityManager teria que ser qualificado, conseguiria fazer isso por meio da API?

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Acho que rolaria através do injection point... Você poderia usar a annotation @PersistenceContext + @Inject. Aí, na hora da injeção, o producer leria a @PersistenceContext, pegaria o nome da persistenceUnit e usaria a adequada. Vamos esperar Fernando, talvez ele até dê um exemplo de código.