Olá Giuliano,
Falando como alguém que estudava Ciências da Computação até semestre passado e agora cursa Sistemas da Informação, a diferenças de ambas faculdades pode ser sútil ou bastante considerável, dependendo do grade da Universidade em si.
O que difere as duas é a questão do foco da faculdade. Enquanto eu cursava Ciências da Computação, minhas disciplinas eram bastente focadas em matemática e em computação téorica.
Agora que cursos Sistemas da Informação, o foco é gestão de TI, análise de sistemas e boas práticas de desenvolvimento de software.
Mas isto não significa que alguém que estuda S.I. não possa estudar coisas como Inteligência Artificial ou Computação Gráfica, pois estas disciplinas costumam existir em cursos de S.I, mas como disciplinas eletivas em vez de disciplinas obrigatórias.
Assim como quem faz C.C, pode estudar sobre gestão ou engenharia de software mas puxando como eletivas.
Como você disse sobre programação específico, ambas os cursos vão te ensinar a programar , aprender sobre estrutura de dados e fazer análises de algoritmos, então quanto a isto não se preocupe.
Ambas também vão te dar uma base matemática boa, porém com C.C se aprofundando mais no assunto.
Foque em analisar a grade de disciplinas ofertadas pelas sua faculdade e veja se ela vai disponibilizar as matérias que você tem mais interesse como eletivas ou como obrigatórias.
Também vale lembrar que se você deseja seguir para área acadêmica, e se tornar Pesquisador ou Professor de Computação, o curso de Ciências da Computação vai te formar melhor.
Boa sorte na sua escolha e lembre-se de que o que faltar aprender na faculdade para entrar no mercado, você pode tirar de letra e aprender aqui na Alura ;) .