Qual a melhor forma de organização?

Oi Lia, seu código ficou bem organizado sim! Mas eu fiz algumas mudanças aqui.

A primeira é ter colocado o cálculo da diferença das idades logo acima de tudo, comumente variáveis declaradas eu coloco no topo do script, da função, da classe e por aí vai.

Ainda nessa variável, se você notar eu troquei o nome dela, de numero para differenceInAge, dessa forma fica claro para o que a variável sera usada já que numero é algo bem vago. Fiz o mesmo com a função number, assim mostra qual ação ela irá tomar.

Um pouco mais abaixo você criou duas funções com o mesmo nome recebendo parametros com nomes diferentes, talvez você ficou um pouco confusa pois showMe aparece duas vezes na execução, mas basta declarar uma vez só que ele será chamado as duas vezes.

E por fim uma coisa que arrumei foi a indentação, no fim do script o código está na mesma linha do fechamento da tag script, para um código pequeno assim é fácil identificar onde inicia e onde termina, mas imagina um código grande... pode gerar uma pequena confusão.

Uma observação, mas coisa particular minha, normalmente eu prefiro colocar todos os nomes em inglês ou todos os nomes em protuguês, misturar fica meio estranho, por exemplo você tinha uma variável numero e uma função number.

Segue abaixo o código que fiz:

<meta charset="UTF-8">

<script>
    var differenceInAge = 43 - 39;

    function space() {
        document.write("<br>");
    }

    function showMe(frase) {
        document.write(frase);
    }

    function showDifferenceInAge() {
        document.write(differenceInAge);
    }

    // document.write("Nossa diferença de idade é " + (43-39) + " anos" );

    space();
    showMe("Nossa diferença de idade é de ");
    showDifferenceInAge();
    showMe(" anos");
</script>

Qual dúvida ou pergunta só responder.

Parabéns pelo seu código e espero ter ajudado.