Olá, Luidi! Tudo certo?
A principal diferença é a quantidade de avaliações e downloads. Na SQLite Explorer, podemos ver um valor muito menor de downloads em comparação com o SQLite Viewer. Claro que isso não necessariamente diz que um é melhor que o outro, mas destaca que é mais utilizada, logo deve ser mais estável pela demanda.
Em resumo geral, ambas têm a mesma função, fazem isso bem, então fica a seu critério avaliar qual é a melhor para o que você está buscando.