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Pycharm - Working Directory - Diretório de Trabalho

Boa noite, Só consigo acessar os meus dados e trabalhar no meu código se eu configurar a pasta onde está os dados como Working Directory no Pycharm. Acontece que quando preciso acessar dados que estão nesta mesma pasta, mas dentro de subpastas, retorna o erro de que o arquivo não foi encontrado ou que não existe, mas se eu configurar esta mesma subpasta como Working Directory ele retorna que encontrou o arquivo. Como posso configurar uma pasta como Working Directory mas também poder acessar as subpastas que estão neste diretório sem receber mensagem de erro? Já tentei até usar o glob mas não resolveu.

path = r'/Users/Henrique/Desktop/Rota Brasil Geral/'
for x in os.listdir(path):
    if not x.startswith("."):
        for y in glob(os.listdir(os.path.join(path, x))):
            if not y.startswith("."):

Desde já eu agradeço imensamente a ajuda.