Basta colocar na função a instrução "document.write" com dois parâmetros "". Com isso, pulará duas linhas. Fica assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br><br>");
}
var titulo = "Bem-vindo ao meu programa!";
document.write("<h1>" + titulo + "</h1>");
pulaLinha();
document.write("Vocês não sabem o que tive que aprender para fazer isso!");
pulaLinha();
document.write("Contudo, assistindo os vídeos e estudando ...");
pulaLinha();
document.write("Eu vou mais longe!");
pulaLinha();
</script>