Mudei o código, ams basicamente o que eu tinha que fazer era colocar a altura com ponto, e não com vírgula

<meta charset="UTF-8">
<script>

function pulalinha () {
    document.write ("<br>");
    document.write ("<br>");
}

function mostra (conteudo) {

    document.write (conteudo);
    pulalinha();
}

function calculaimc (peso, altura) {
    return peso / (altura * altura);
}

var nome = prompt("Informe seu nome");

var pesox = prompt(nome + " , informe seu peso");

var alturax = prompt(nome + " , informe sua altura");

var imc = calculaimc (pesox, alturax);

mostra (nome + " , seu IMC  é " + imc);

</script>

O código está correto, apenas de uma olhada de como você está digitando os dados de entrada, pois eles estão no padrão inglês, onde troca-se a ' , ' pelo ' . ' .