Professor, isso não é exatamente um 'erro' do CMD do windows.
Se vc clica dentro da caixa do Prompt ele fica rodando em segundo plano sem entregar nada na saída até vc apertar alguma tecla (eu costumo usar o Enter). No caso do servidor, reparei que ele 'pausa' o servidor. não é um erro ou um bug, apenas uma função.
No caso se vc clicar no entorno e não dentro do CMD (entorno seria a barra da janela e dentro seria a parte preta que digita), não ocorre isso. Repare que quando vc clica dentro fica uma caixinha branca onde vc clicou, ai se vc apertar alguma tecla ou clicar com o botão direito ele volta a executar normalmente.
Talvez eu não tenha conseguido explicar corretamente, mas espero ter ajudado.
