A principal diferença para a loja entre compra online e pickup store é que na compra online você não precisa de ter loja física, mas precisa de investir mais numa transportadora ou armazém onde guarda o seu stock e na pickup store você precisa de ter uma ou várias lojas fisícas.
A principal diferença para o cliente entre as duas opções é que na compra online você normalmente paga o frete e isso por vezes é uma despesa cara e na pickup store você não paga frete e vai buscar à loja mais próxima de sua casa.