Pelo visto, Rita preferi incluir os "br's" ao final das duas primeiras Strings.
meu código (refatorado) ficou assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
document.write("Código inicial do Fugêncio:");
document.write("<br><br>");
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39));
document.write("<br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20));
document.write("<br>");
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
document.write("<br><br>");
document.write("Código refaturado por Rita.");
document.write("<br><br>");
document.write("Alternativa A:");
document.write("<br>");
document.write("Flávio nasceu em " + 2016 - 39 + "<br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + 2016 - 20 + "<br>");
document.write("Barney nasceu em " + 2016 - 40);
document.write("<br><br>");
document.write("Alternativa B:");
document.write("<br>");
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39));
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20));
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
document.write("<br><br>");
document.write("Alternativa C:");
document.write("<br>");
document.write("Flávio nasceu em " + (2016 - 39) + "<br>");
document.write("Joaquim nasceu em " + (2016 - 20) + "<br>");
document.write("Barney nasceu em " + (2016 - 40));
document.write("<br><br>");
document.write("Alternativa C é a correta!");
</script>