Oi Rafael, tudo bem?
Muito obrigada por compartilhar seu código, legal ver que podemos fazer a mesma coisa de formas diferentes, não é mesmo?
Uma dúvida: quando você fez if (numero%4 == 0) e o if (numero%12 == 0), o objetivo era apenas pular a linha? Achei um jeito bom para formatar a saída. Também gostaria de te mostrar um ponto de melhoria: no seu segundo for, você começa do zero, e depois coloca um if justamente para ignorar o 0. Para economizar esse if, que é rodado todas as vezes que estamos rodando o laço de repetição, podemos começar direto do 3: for (int numero = 3; numero<=100; numero +=3).
Qualquer dúvida, fique à vontade para enviar aqui no fórum :)
Abraços e bons estudos!