Oii Felipe, agora foi hahah
Bom, vamos lá! Quando você soma as notas em totalNotas, veja que você está redeclarando toda vez essa variável, fazendo com que ela não fique somando as notas informadas e pegue apenas o valor da última nota. O correto seria assim:
var totalNotas = 0
while (numero <= quantidade) {
  var notaInformada = parseInt(prompt("Informe a nota"));
  totalNotas += notaInformada;
  numero++;
}
Agora, a variável totalNotas vai sempre somar com a nota informada. Esse sinal de += é um operador de atribuição junto com soma, é a mesma coisa que escrever: totalNotas = totalNotas + notaInformada
Certo? Espero ter ajudado!!!