Bom dia, Camila! Tudo bem?
Vejo um probleminha no código que você postou: você não está somando as idades. A variável media está recebendo a idade do último filho dividida pela quantidade de filhos. Nesse sentido, se eu digo que tenho 3 filhos e as idades deles são 4, 5 e 6 anos. O programa retornará que a média é 2 (idade do último filho dividia pela quantidade). No entanto a média correta de idades é 5 (soma de todas as idades dividida pela quantidade de filhos).
Uma maneira de contornar esse entrave é:
var idadeFilhos = 0;
while (contador <= quantFilhos) {
idadeFilhos += parseInt(prompt("Qual a idade de seu filho?"));
contador++
}
var media = idadeFilhos / quantFilhos;