Compartilhando pois pode ser o problema de outras pessoas. Tive que fazer o procedimento um pouco diferente do que no vídeo.
Ao invés de criar o arquivo com o nome ~/.lein/credentials.clj.gpg, criar como ~/.lein/credentials.clj (com o mesmo conteúdo disponível em https://my.datomic.com/account).
Encriptar o arquivo
cd ~/.lein/ gpg --default-recipient-self -e \ credentials.clj
Testar
gpg --quiet --batch --decrypt ~/.lein/credentials.clj.gpg
Apagar o plain-text
rm ~/.lein/credentials.clj
Colocar a dependencia no project.clj e reiniciar igual no vídeo.
Depois disso, o IntelliJ aqui conseguiu baixar o datomic-pro.
Abraços