Aconteceu o mesmo problema comigo, estou usando o Visual Studio 2015 e Sql Sever 2014 Express, consegui resolver isso fazendo o seguinte:
1 - Instale pelo Nuget um pacote pelo comando nesse link:
https://www.nuget.org/packages/Microsoft.Web.Infrastructure. Aconteceu comigo quando eu executei o projeto de dar o erro: "Não foi possível carregar arquivo ou assembly 'Microsoft.Web.Infrastructure, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35' ou uma de suas dependências. O sistema não pode encontrar o arquivo especificado ", isso é porque falta a instalação de dependências ou estas foram corrompidas.
2 - Depois que instalou o Sql Server, no painel esquerdo da IDE tem uma opção Data Connections, ela deve aparecer a conexão com o banco do projeto, você pode deletar ela.
3 - Depois de deletar, clique com o botão direito em cima de Data Connections e adicione uma nova conexão. Irá aparecer uma tela para escolher o Database file, ela deve estar na pasta App_Data, clique Ok e irá perguntar se deseja atualizar, então escolha sim. Depois disso confirme a nova conexão e o projeto deve estar funcionando corretamente agora.