Tente verificar o ambiente virtual que sua aplicação está rodando. Pode ser que vc tenha instalado em um ambiente virtual diferente. Por exemplo, se vc fez um pip install Flask-SQLAlchemy sem que o ambiente virtual da sua aplicação estivesse ativo, e não percebeu, a lib está instalada na biblioteca python em seu Usuário, no caso do windows, em.\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib, e não na venv da sua aplicação. Com pouca informação, fica difícil, mas, acho que pode ser isso que está acontecendo. Veja também, qual venv sua ide está usando.