Problemas ao utilizar tentar usar o método alterar

Tharles, tu fez teu método como atualiza, já olhou se o o método que tu criou pra alterar ta com o nome atualiza.Posta tu classe do AlunoDAO

      AlunoDAO dao = new AlunoDAO(this);
                if (aluno.getId() != null)  {
                    dao.atualiza(aluno);
                } else {
                    dao.insere(aluno);
                }

Olá Vânia, segue abaixo:

package br.com.anima.minhaagenda.dao;

import android.content.ContentValues;
import android.content.Context;
import android.database.Cursor;
import android.database.sqlite.SQLiteDatabase;
import android.database.sqlite.SQLiteOpenHelper;
import android.support.annotation.NonNull;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

import br.com.anima.minhaagenda.modelo.Aluno;

/**
 * Created by tharles on 20/09/16.
 */
public class AlunoDAO extends SQLiteOpenHelper {
    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 5);
    }

    @Override
    public void onCreate(SQLiteDatabase db) {
        String sql= ("CREATE TABLE Aluno(id INTEGER PRIMARY KEY, nome TEXT NOT NULL, endereco TEXT, site TEXT, nota REAL);");
        db.execSQL(sql);

    }

    @Override
    public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
        String sql = ("DROP TABLE Aluno");
        db.execSQL(sql);
        onCreate(db);

    }
    public void insere(Aluno aluno){
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();
        ContentValues dados = getContentValues(aluno);

        db.insert("Aluno",null,dados);
    }

    @NonNull
    private ContentValues getContentValues(Aluno aluno) {
        ContentValues dados = new ContentValues();

        dados.put("nome",aluno.getNome());
        dados.put("endereco",aluno.getEndereco());
        dados.put("site",aluno.getSite());
        dados.put("nota",aluno.getNota());
        return dados;
    }

    public List<Aluno> buscaAluno(){
        String sql = ("SELECT * FROM Aluno;");
        SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
        Cursor c = db.rawQuery(sql,null);

        List<Aluno> alunos=new ArrayList<Aluno>();
        while(c.moveToNext()){
            Aluno aluno = new Aluno();
            aluno.setId(c.getLong(c.getColumnIndex("id")));
            aluno.setNome(c.getString(c.getColumnIndex("nome")));
            aluno.setEndereco(c.getString(c.getColumnIndex("endereco")));
            aluno.setSite(c.getString(c.getColumnIndex("site")));
            aluno.setNota(c.getDouble(c.getColumnIndex("nota")));

            alunos.add(aluno);

        }
        return alunos;
    }
    public void deletar(Aluno aluno){
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        String[]params={aluno.getId().toString()};
        db.delete("Aluno","id=?",params);
    }

    public void atualiza(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();


        String[]params={aluno.getId().toString()};
        db.update("Aluno",getContentValues(aluno),"id=?",params);
    }
}

Tenta isso

    public void atualiza(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        String[] params = {aluno.getId().toString()};
        db.update("Aluno", dados, "id = ?", params);
    }

Desculpe, acho que não me interpretei bem, o problema não é este método em si. Eu observei que na seguinte instrução que ele nunca chama o método atualizar sempre cai no insere, logo o id tá chegando nulo.

if (aluno.getId() != null)  {
                    dao.atualiza(aluno);
                } else {
                    dao.insere(aluno);
                }

Encontrei o problema, estava no FormularioHelper(Segue abaixo) Sabe Deus pq eu estava instanciando o aluno novamente já que já fazia isso no construtor

public Aluno getAluno(){
        Aluno aluno = new Aluno();
        aluno.setNome(nome.getText().toString());
        aluno.setEndereco(this.endereco.getText().toString());
        aluno.setSite(this.site.getText().toString());
        aluno.setNota(Double.valueOf(this.nota.getProgress()));

        return aluno;
    }