Solucionado
Quando criei o layout, eu arrumei a proporção dos retângulos e do contêiner na opção scale, e agora na hora de ativar os keyframes e mudar a escala eles não estão em 100% e sim onde eu os deixei, existe alguma maneira de esses valores agora virarem 100%?
Olá Diego, pode mandar o seu arquivo do After Effects pra que eu possa dar uma olhada?
Abs.
estava dando uma revisada e percebi que alterei o tamanho pela escala nos menus tranformar o retangulo, sendo que deveria ter tranformado pelo Caminhos do retangulo
https://drive.google.com/open?id=1ZESI6rXxoJ0aG0Oq18OZr-QwNC9BU1Rh
Exatamente Diego, a ideia é que por mais que possa animar pelos 2 scales você utilize o das propriedades da camada para animar e o do próprio retângulo para fazer os ajustes.