Solucionado
fiz a configuração para colocar a dependencia do jquery no angular-cli final porem ao rodar o ng serve deu erro na compilação do webpack por que ele nao consegue interpretar o $? na nova versao do angular-cli nao existe mais o arquivo typings.json e pela documentação ele pede para adicionar no arquivo angular-cli.json essas instalações globais, acredito que deve estar faltando uma pequena coisa se puder me dar um help aonde acho uma documentação
pelo que vi tem que instalar o types do jquery
npm install --save-dev @types/jquery
no arquivo .angular-cli.json
"scripts": [ "../node_modules/jquery/dist/jquery.min.js", "../node_modules/jquery-migrate/dist/jquery-migrate.min.js", "../node_modules/jqueryui-browser/ui/jquery-ui.js" ]
e fazer o import no app.module.ts
import * as $ from 'jquery';
aqui funcionou fazendo isso e colocando não sei se é o certo gostaria de uma confirmação se é assim mesmo e se não for uma dica de como fazer funcionar sem isso.
O Angular CLI não usa mais a ferramenta de Typing. Sendo assim, é como o colega colou antes. Os typings para o TypeScript são instalados pelo npm.
Por exemplo, para instalar do jQuery:
npm install @types/jquery --save-devAngular 2 é muito recente e por mais que tenha saído a versão final ainda esta sujeito à mudanças. Talvez seja esse o motivo de uma adoção lenta nas empresas.