Olá, Gabriel, como vai?
Isso geralmente está relacionado à forma como o arquivo do Illustrator está estruturado. Uma possibilidade é que existam elementos fora da prancheta ou camadas ocultas que estão sendo interpretadas como objetos separados. Também pode ocorrer se o Illustrator estiver exportando o arquivo com transparência ou modo de cor incompatível.
Um caminho que costuma funcionar é criar a nova prancheta maior, mover todas as camadas visíveis para dentro dela, confirmar que não existem elementos sobrando fora da área visível, salvar o arquivo, fechar o Illustrator e só então importar no After Effects como composição. Se mesmo assim as camadas aparecerem duplicadas, vale usar a opção “Reload Footage” no After Effects, para atualizar cada camada de acordo com o arquivo salvo.
Espero ter ajudado.
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Abraços :)
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