Como não consegui responder os tópicos, vou mostrar aqui como fiz para quem atualizou as bibliotecas.
Deve-se realizar duas alterações:
dataSource.setDriverClassName("com.mysql.jdbc.Driver");
para
dataSource.setDriverClassName("com.mysql.cj.jdbc.Driver");
e em dataSource.setUrl adicionar o timezone:
dataSource.setUrl("jdbc:mysql://localhost:3306/casadocodigo");
para
dataSource.setUrl("jdbc:mysql://localhost:3306/casadocodigo?useTimezone=true&serverTimezone=UTC");
veja que so adicionei ''?useTimezone=true&serverTimezone=UTC''
funcionou para as seguintes bibliotecas atualizadas: tomcat-version: 9.0.12 (aparentemente sem grande influencia) spring: 5.1.0.RELEASE hibernate-version: 5.3.6.Final mysql-version: 8.0.12