Maison, tudo bem cara?
Então o Vue.js é um framework de trabalho, você precisa abstrair isso na sua cabeça que ele foi feito para agilizar e organizar seu projeto com o pattern vue.js
Dentro dele tudo é javascript, json (javascript object notation), html e css.
E a questão do node.js e webpack são o core onde o vue.js usa para conseguir entregar o framework para fazer tudo funcionar.
Tente abstrair esses conceitos e continue estudando as raízes que são javascript, json, html e css.
Use o framework para dar organização, qualidade e agilidade em seu trabalho no desenvolvimento da aplicação.
Resumindo um pouco as tecnologias citadas.
node.js - Possibilita o javascript ser usado na máquina além do browser, onde podemos criar interfaces cli, automação e servidores web com a linguagem javascript.
webpack - Bundler javascript onde organiza e trata com diversas bibliotecas e frameworks para automatizar os processos de compilação da aplicação, o vue usa-o como core, o angular e react também na maioria das aplicações.
Podemos usar outros como gulp e grunt.
vue.js - Framework de trabalho para desenvolver aplicações javascript seja ela web ou offline, onde organizar a forma de desenvolvimento com componentes e também pattern's de abstração cross-browser.
Deu pra esclarecer um pouco mais?
Se você esta tendo dificuldade em roda os comandos ou decorar não se preocupe, demora um pouco para ir pegando os conceitos pois o javascript sempre foi uma linguagem que só rodava no navegador.
Sempre bom tentar abstrair tudo isso e também tentar ver e estudar a história e evolução dessas tecnologias, quem sabe não vai esclarecendo mais suas duvidas sobre o assunto.
Espero ter ajudado.