Solucionado
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha(){
document.write("<br>");
}
function mostra(frase){
document.write(frase + dif);
}
var minhaIdade = 23;
var idadeIrmao = 35;
var dif = idadeIrmao - minhaIdade;
mostra("A diferença de idade é: ");
</script>
Olá.
Precisa. Primeiro, você não está usando a função pulaLinha().
Segundo, você poderia pedir um segundo parâmetro na função mostra() e passar a dif lá, pra usar no método direto e tira isso do corpo principal, mas pro seu caso é mais por opção.
Pra usar a função pulaLinha(), você pode chamá-la dentro da função mostra(), antes e depois de escrever a frase, assim sempre terá as quebras de linha.