Muito obrigado pela atenção, burrada minha.
Em paralelo a isso, estava tentando deixar mais interessante esse programinha, perguntando o número de matérias usando o loop - while-,
ele até consegue repetir as perguntas, mas mistura todos os resultados.
Sem querer ser chato, pode dar uma olhadinha nessa estrutura?
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var quantidadeMaterias = parseInt(prompt("Quantas materiais você quer saber a média?"))
var numero = 1
while (numero<=quantidadeMaterias){
var valorProva = parseInt (prompt("Quanto valia a prova "));
var acertos = parseInt (prompt("Entre com o número de acertos "));
numero = numero + 1
}
var resultadoFinal = (acertos * 100) / valorProva
mostra("Seus acertos foi " + resultadoFinal)
</script>