Pq não tem um "var" antes da linha de quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2; ?
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;