Se eu entendi corretamente, o que você quer fazer é isto:
<meta charset='UTF-8'/>
<input type="text" placeholder="Adicione o numero e verifique o bingo" id="numero"/>
<input type="button" id="advinhar" value="Adivinhar">
<script type="text/javascript">
var n1= Math.round(Math.random()*60)
var n2= Math.round(Math.random()*60)
var n3= Math.round(Math.random()*60)
var n4= Math.round(Math.random()*60)
var n5= Math.round(Math.random()*60)
var n6= Math.round(Math.random()*60)
var loteria = [n1, n2, n3, n4, n5, n6];
console.log(loteria);
var escolhas =[];
var caixaDoNumero = document.getElementById('numero');
function adicionarNumero(){
var acertou = false;
var numero = document.getElementById('numero').value;
for (var i = 0; i < loteria.length; i++) {
//prompt("Digite o numero escolhido");
if(loteria[i] == caixaDoNumero.value){
acertou = true;
break;
}
}
if (acertou){
alert("Você acertou o numero");
} else{
alert("Você errou!");
}
escolhas.push(numero);
console.log(escolhas);
};
var botaoAdvinhar = document.getElementById('advinhar');
botaoAdvinhar.onclick =adicionarNumero;
</script>