Solucionado
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var contador = 2;
while(contador <=100) {
mostra (contador);
contador = contador + 2; // incrementa de dois em dois
}
mostra("Fim");
</script> 
Olá Marcio, pode usar sim o // para comentar algo no seu código, o convencional seria usar assim
// incrementa de dois em dois
contador = contador + 2; Assim sabemos que o que está abaixo é referente ao comentário, se forem diversas linhas de comentários, pode ser feito assim também.
/* aqui nós vamos comentar tudo que
for preciso e tudo que estiver dentro desses caracteres
será ignorado pelo programa, independente da quantia de linhas */
contador = contador + 2; Espero que tenha lhe ajudado :)