Posso usar a linguagem C ao invés de Java no decorrer desse curso?

Blz Lucas?! Acredito que depende da sua proficiência em C, ou seja, se sabe utilizar bem os recursos da linguagem não tem problema. Já que o conceito de estrutura de dados é o mesmo para qualquer linguagem.

Porém olhando por um outro angulo, se você pretende praticar Java é uma ótima oportunidade. Fazendo a criação do algoritimo "raiz" e comparando ali na mesma linguagem as implementações prontas fornecidas pelo Java.

Nos estudos para certificação Java 8 (a qual me certifiquei) se aprende qual implementação é mais indicada para cada situação, porém falta essa pegada de ir a fundo em seus algorítimos internos.