Pelo que eu entendi, o que você quer fazer é um produto composto, como por exemplo um computador, onde você tem algo básico (ex: placa mãe + CPU + gabinete) que pode ser combinado com os demais periféricos, que também são produtos que podem ou não ser comprados em separado, de acordo com as regras do seu negócio.
Eu recomendaria o seguinte, você manteria uma tabela de produtos única, mas criaria um campo para marcar aquele produto como "composto", e outro para dizer que se o produto pode aparecer na lista de produtos na hora do visitante pesquisar.
Então você criaria uma segunda tabela para fazer os vinculos, onde você poderia ter os seguintes campos:
id da tabela - id do produto principal - id do produto utilizado pelo produto principal.
Desta forma, na hora de listar iriam aparecer somente os produtos que você marcou como permitidos, e ao clicar no detalhe de um produto, caso o produto esteja marcado como "composto", você pesquisaria o id dele ma tabela de vinculos, e puxaria os demais produtos necessários para montar a "caixa". Então você faz a soma de todos os ítens e já mostra o valor que vai ficar.