Nao sei se entendi muito bem sua pergunta, mas se por acaso for "Por que utilizar EntityManager?" tenho aqui algumas respostas:

"O EntityManager faz parte da API Java Persistence. Principalmente, ele implementa as interfaces de programação e as regras de ciclo de vida definidas pela especificação JPA 2.0. Além disso, podemos acessar o Persistence Context usando as APIs do EntityManager." Traduzido de : https://www.baeldung.com/hibernate-entitymanager

Outro:

"Porque o EntityManager faz parte do padrão - JPA. Teoricamente, você pode alternar as implementações (Hibernate, EclipseLink, OpenJPA) se precisar...." Traduzido de : https://stackoverflow.com/questions/4240733/why-use-an-entity-manager

Mas basicamente eh isso, o EntityManager segue especificacoes Padrao que fazem com que caso voce troque o framework de conexao com base de dados nao precise trocar o codigo.

Acho que não consegui formular minha dúvida muito bem, mas é que quando eu uso JPA e nos exemplos não tem a necessidade de usar o entitymanager, no exemplo eu entendi que usou porque é uma classe DAO e se fosse repository não precisaria, é isso?

Por exemplo,aqui salva os dados:

public void saveMovie() { EntityManager em = getEntityManager();

em.getTransaction().begin();

Movie movie = new Movie();
movie.setId(1L);
movie.setMovieName("The Godfather");
movie.setReleaseYear(1972);
movie.setLanguage("English");

em.persist(movie);
em.getTransaction().commit();

}

Porém nas APIs só utilizamos o .save() do repository