O Ionic 1 utiliza o angular.js que tem todo um padrão de MVC.
O Ionic 2 utiliza o angular que possui um padrão de componentização parecido com o do react.
Acredito que o motivo do ionic 2 ter sido criado foi exatamente para tomar proveito das vantagens de se utilizar componentização ao invés de MVC.
Como são metódos completamente diferentes é comum estranharmos tamanha diferença entre as versões.
Quanto a questão do ionic 3 acho que você não precisa se preocupar muito por que eu só vejo uma mudança grande dessas vindo novamente se surgir uma nova versão do angular que mude tudo completamente. Tendo em vista que o angular 2 ficou em desenvolvimento por anos e que ele tem recebido muita atenção de seus desenvolvedores eu não vejo isso acontecendo pelos próximos anos.
Em todo caso quando eles lançam uma versão nova que não é compatível com versões anteriores a equipe não costuma tirar o suporte da versão antiga. Caso contrário os sites legados que ainda utilizam o angular.js estariam em problemas sérios.
Enfim, espero ter respondido sua pergunta. =D