Porque no fim não está sendo realizado a soma das variável ?

Olá, Luã! Tudo bem?

Pelo que verifiquei, seu código está correto. O que deve estar acontecendo é que, por algum motivo, o JS está entendendo um (ou os dois) números que você passa no prompt como string. Desta forma, ao invés de somar, ele concatena.

Para resolver isso, é bem simples! Basta usar o parseInt para "forçar" a conversão de string para número inteiro, conforme você pode conferir no return da function "a", na linha 16.

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function a(numero1, numero2) {

        return (parseInt(numero1) + parseInt(numero2));
    }

    var nome = prompt("Informe seu nome");
    var numeroPreferido = prompt(nome + ", Informe seu número preferido");
    var segundoNumeroPreferido = prompt(nome + ", Informe seu segundo número preferido");
    var resultado = a(numeroPreferido, segundoNumeroPreferido) ;

    document.write(nome + ", a soma dos seus números preferidos é " + resultado);
</script>

Desta forma, a soma funciona direitinho!

Espero ter ajudado! :)