Porcentagem "%"

A % ainda é a melhor opção para questão de layout fluido/responsivo.

Entenda, antes, que existe uma diferença entre a % e o em/rem

Enquanto a % funciona relativo a width e height do elemento pai

o em/rem funcionam relativas ao tamanho da fonte padrão. Sendo o em funciona pela fonte padrão do elemento pai e o rem funciona pela fonte padrão do body.

Enquanto a porcentagem é dinâmica, o rem e o em não o são.

Se for pra criar divs: porcentagem(%) sempre para layouts fluidos/responsivos, como Nikolai falou.

Se for para definir tamanho de fontes ou heights personalizados, em ou rem

Boa tarde

O percentual atua relativo ao elemento pai em si e não exatamente a fonte a qual se está definindo, diferentemente dos outros dois (em e rem) que são mais voltados as características da fonte do elemento pai.

verifica si isto pode ajudalo?

% pra maioria dos layouts e coisas proporcionais entre si (ex: colunas, grids etc)

em e rem quando é algo tipografico, relacionado a texto. (ex: a margem do titulo tem a ver com o tamanho do titulo)