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Acredito que isso possa ter acontecido porque o usuario2 não assistiu muitos filmes que o usuario1 assistiu e como não há correspondência para assistir o mesmo filme, alguns valores na coluna da direita se tornaram NaN. 
Mesmo assim, existem valores não NaN nesta coluna e você pode visualizá-los adicionando o método .dropna() ao final do código de atribuição a diferenca:
diferenca = usuario1.join(usuario2, lsuffix="_esquerda", rsuffix="_direita").dropna()
diferencaComo resultado obtive poucas correspondências, então, provavelmente esses usuários não compartilham do mesmo gosto para filmes.
| filmeId | nota_esquerda | nota_direita | 
|---|---|---|
| 333 | 5.0 | 4.0 | 
| 3578 | 5.0 | 4.0 | 
Eu espero ter te ajudado! Se a dúvida persistir, estarei à disposição.
Bons estudos!