Solucionado
Por que o if retornou True e entrou na condição se não havia uma comparação ? Por que o if considerou como verdadeiro e executou o bloco, mesmo não tendo uma comparação ou algo que determinasse que aquilo era verdadeiro? Não existe um Erro quando algo não é nem verdadeiro nem falso?
Veja a linha onde diz if(quantidadeCarbono1 = quantidadeCarbono2 )
O 'if' nessa atividade será sempre true justamente porque nao esta ocorrendo uma comparada e sim uma atribuição(justamente por ter somente um sinal de igual), o if apenas pega o valor e retorna true porque esse é o comportamento padrão dele.
A variável quantidadeCarbono1 está recebendo o valor de quantidadeCarbono2 e não comparando.
Mais um detalhe, se as variáveis quantidadeCarbono1 e quantidadeCarbono2 estivessem com valores como "NaN", "undefined", "", 0, null certamente o resultado seria "São substâncias bem diferentes" porque no JS esses valores são considerados FALSE.
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