Olá Wagner, tudo bem?
Na verdade são mais de um erro. A função verifica() e o button.onClick não podem estar dentro do loop. Apenas com o IF você consegue resolver o seu problema, mais ou menos deste jeito:
var input = document.querySelector("input");
contador = 0;
function verifica(){
if(input.value == segredo && contador < tentativas) {
alert("Você descobriu meu segredo");
mostra ("FIM!!!");
} else if (input.value != segredo && contador < tentativas) {
alert("Você ERROU!!!!");
}else {
mostra("Você não tem mais tentativas");
}
contador++;
}
var button = document.querySelector("button");
button.onclick = verifica;
Tem espaço para esse código melhorar, mas isso eu deixo pra você, rsrs
Deu pra entender? Espero que sim.
Bons estudos!