Olá! Como vai?
Você está enfrentando problemas de permissões ao executar o comando sudo updatedb. Isso é comum quando o updatedb tenta acessar diretórios para os quais o usuário não tem permissão, como os que estão dentro de /run/user.
Essas mensagens de "Permission denied" são normais e não devem afetar o funcionamento do locate. O updatedb ainda deve atualizar o banco de dados com as informações dos arquivos que você tem permissão para acessar.
Se, após executar sudo updatedb, o comando locate ainda não encontrar arquivos que você sabe que existem, verifique se o banco de dados está realmente atualizado e se você está usando o comando locate corretamente, passando o nome exato do arquivo que deseja encontrar.
Espero ter ajudado e bons estudos!