Olá Bruna,
Se você não quiser que o número 33 seja exibido, ele deve entrar no mesmo if que esta o 37, pois pelo if do 37, se o contador não for igual a 37 ele vai mostrar, 33 não é igual a 37.
if (contador == 37 || contador == 33) {
// mostra tem o parâmetro frase para receber!!
contador;
} else {
mostra(contador+ ", ");
}
EDIT
Para melhor entendimento, dentro do que foi ensinado(sem utilizar o que ainda não foi exibido), acredito que o seu código ficaria melhor assim:
<meta charset = "UTF-8">
<script>
function pulaLinha () {
document.write ("<br>");
}
function mostra (frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
mostra("==========INICIO==========");
var contador = 30;
while (contador <= 40) {
if (contador != 33){
if (contador != 37){
mostra("número " + contador);
}
}
contador = contador + 1;
}
mostra("==========FIM==========");
</script>