Não entendi por que teve que declarar a variável desenha como false ao final, se ela já está declarada nas funções habilitaDesenhar e desabilitaDesenhar.
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'lightgray';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
var desenha = false;
var corAtual = 'blue';
var xVermelho = 0;
var xVerde = 50;
var xAzul = 100;
var yQuadrados = 0;
var tamanhoQuadrados = 50;
desenhaPaletaDeCores();
tela.onmousemove = lidaComMovimentoDoMouse;
tela.onmousedown = habilitaDesenhar;
tela.onmouseup = desabilitaDesenhar;
tela.onclick = selecionaCor;