Fala Anderson, tudo bem?
O que acontece é que quando você adiciona o arquivo no repositório de rastreamento, você avisa ao Git que esse arquivo está pronto para ser commitado, quando você altera algo antes de commitar o Git retira o arquivo da área de rastreamento porque ele já passou a ser outra versão com alterações no mesmo arquivo, sendo assim você vai ter que adicionar o arquivo novamente e commitá-lo. O Git funciona dessa maneira para garantir o completo versionamento, você pode alterar coisas diferentes e commitar essas coisas no mesmo arquivo, por exemplo:
Arquivo index.html
git add index.html
git commit -m "Adicionando header"
Vamos supor que eu adicionei meu conteúdo principal agora:
git add index.html
git commit -m "Adicionando conteúdo principal"