Podem me ajudar?

Boa Tarde Carlos :D

Consegui fazer funcionar com o código abaixo:

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'grey';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var indiceCorAtual = 0;    

    function desenhaCirculo(evento) {

        var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - tela.offsetTop;

        var raio = 10;
        var cores = ['blue', 'red'];

    indiceCorAtual++;
    if(indiceCorAtual >= cores.length) {
            indiceCorAtual = 0;

        }


        console.log(x + ',' + y);

        if (evento.shiftKey) {

           raio = raio + 20;

        }

        pincel.fillStyle = cores[indiceCorAtual];
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
        pincel.fill();

    }

    tela.onclick = desenhaCirculo;


</script>

Basicamente, a variável indiceCorAtual era zerada toda vez que o usuário clicava na tela, resultando em apenas uma cor, para resolver, coloquei a declaração da variável fora da função desenhaCirculo(). Coloquei também a instrução indiceCorAtual++; fora do laço if, afinal se a variável só for incrementada quando seu valor for maior ou igual ao índice do seu array, ela nunca será incrementada, e queremos que isso aconteça a cada clique do mouse.

Caso tenha restado alguma duvida, não hesite em perguntar.

Espero ter ajudado :)

E então amigo, o problema foi resolvido?