Isso vai depender do plugin. Alguns plugins, principalmente os que usam Javascrpt ou Jquery podem gerar conflitos com classes e Id's do seu HTML.

A maioria dos plugins é feita pra funcionar sem problemas dentro do wp, mas é sempre bom que você leia a documentação do plugin, que sempre está disponível na aba de documentação quando a gente baixa, antes de tentar fazer qualquer implementação.

Sempre tome cuidado ao manipular JS no Wordpress e manipular plugins.

O ideal é você conhecer um conjunto de plugins a fundo e implementar eles no seu tema como se fossem parte da sua programação.

Por exemplo, muitos temas com os quais trabalho, já vem desenvolvidos para suportar o Revolution Slider, que é um plugin wordpress, sendo assim, os desenvolvedores estudam o plugin pra evitar colocar identificadores (class ou iD's) nos próprios códigos que conflitem com os identificadores dos plugins.

Mais uma vez: Sempre leia a documentação do plugin pra saber tanto aonde instalar ele no seu código, quanto para saber se eles tem módulos NoConflict Js ou Jquery.

Espero ter ajudado :)