PHP Orientado a Objetos - Data Access OBject e AutoLoading

Você vai precisar de uma segunda estratégia no seu Autoloading, como por exemplo:

<?php 
if(file_exists("class/{$class}.php")){
    require_once "class/{$class}.php";
}else if(file_exists("dao/{$class}.php"){
    require_once "dao/{$class}.php";
}else{
    // mensagem de erro?
}

Perceba que isso pode ficar muito complexo e era bem comum encontrar códigos com a seguinte estrutura:

<?php 
$pastas = array('class', 'dao');
foreach ($pastas as $pasta) {
    if(file_exists("{$pasta}/{$class}.php")){
        require_once "{$pasta}/{$class}.php";
    }else{
        // mensagem de erro?
    }
}

Apesar de resolver, isso também é ruim, toda vez que pensar em adicionar uma classe ele varre todas as pastas atras do arquivo. Por hora você pode usar isso, mas depois você pode começar a pesquisar sobre PSR's.

Existe uma PSR que recomenda como deveriamos fazer o autoloading das classes de nossas aplicações. Vou deixar o link aqui e você pode pesquisar mais depois. Não se apresse, aprenda as coisas por vez :)

http://www.php-fig.org/psr/psr-4/

Bons estudos!