Olá!!
No seu caso, vc está querendo copiar "diretórios" (veja que eles estão em azul, já os arquivos normalmente ficam na cor branca), mas a questão aborda sobre "arquivos".
Para criar diretórios se usa o comando:
mkdir nome_do_diretorio
Para copiar os diretórios dessa maneira que vc está tentando, há a necessidade de especificar que isso deve ser feito de maneira recursiva (-r), assim vc diz para o terminal: "copie esse diretório e tudo que estiver dentro dele (no caso seus sub-dirtorios tbm) "
Já para criar arquivos se usa:
touch nome_do_arquivo
no caso de copiar arquivos basta executar:
cp nome_do_arquivo destino_da_copia
exemplo:
leonardo@server:~$ ls
arq01 arq02 arq03 arq04 arq10 arq11 arq12 pasta
leonardo@server:~$ cp arq0? ~/pasta/
leonardo@server:~$ cd pasta/
leonardo@server:~/pasta$ ls
arq01 arq02 arq03 arq04
Aqui está sem cor, pois eu copiei da linha de comando e colei aq, mas pra mim aparece os arquivos em branco e a "pasta" aparece em azul, pois criei ela como diretório.
espero ter ajudado!! :)